本污水處理系統采用前端物理攔劫+中段生物處理（生物接觸氧化法）+后端自然沉淀和接觸消毒的處理工藝具有工藝技術先進成熟，安全性高。同時污水處理設備采用自動控制與手動控制模式相結合，控制模式可靈活設置，運行管理方便，運轉靈活、設置酸化水解調節池對進水水量、水質的變化有相應的抗沖擊能力及應變能力。

醫療廢水由污水管網收集，經格柵攔截大顆粒懸浮物及漂浮物后，污水進入生化處理系統，污水首先由酸化調節池均衡水質水量，然后由提升泵提升進入污水生化處理系統的酸化處理單元，在酸化池內進行厭氧生物處理。厭氧生物處理是在厭氧條件下,在形成了厭氧微生物所需要的營養條件和環境條件下,利用這類微生物分解廢水中的有機物并產生甲烷和二氧化碳的過程。經厭氧分解后的污水自流入兩級生物接觸氧化池進行好氧生化處理。生物接觸氧化池內安裝有組合生物填料，池底設置潛水曝氣機，對污水進行好氧曝氣，大量的好氧菌附著在填料表面，好氧菌進行新陳代謝降解污水中的有機物。凈化后的污水和部分脫落的生物膜隨水流一道進入斜板沉淀池，進行生物污泥和水的分離，沉淀池上清液通過接觸消毒池后由出水堰板經標準化排放口達標排放。